No me aclaro mucho Samuel. Porque en el fichero de entrada que me das
(contacts.dat) sólo está definida la proteína...
Yo lo que quiero hacer es una exploración aleatoria del RNA conservando
rigidos los pares de bases que interaccionan de forma canónica. No es
ésto lo que tú hicistes? Me sonaba que habías hecho ésto mismo con el
RNA bound (1HQ1 PDB) y luego habías ido calculando la RMSD y habías visto
que visitaba la forma unbound (1CQL PDB).
On Fri, 15 Oct 2010 17:03:26 +0200, Samuel Flores <
samuelfloresc@gmail.com>
wrote:
Aquí está:
http://molmovdb.org/temp/laura.pdb.gz
Son movimientos aleatorios. Pero si quieres hacer un morph de bound a
unbound tan solo hay que agregar al archivo de entrada (contacts.dat) los
siguientes elementos:
sequencia de la cadena unbound
firstResidueNumber de la cadena unbound
threading forces de la unbound a la bound, e.g. "baseInteraction A 1
Superimpose B 123 Superimpose Cis"
Además habrá que agreagar las coordenadas de la
la cadena unbound al archivo last.1.pdb.
te mando como attachment los archivos que usé para generar la
trayectoria.
--
Laura Pérez-Cano, PhD student
Life Sciences Department
Barcelona Supercomputing Center (BSC-CNS)
C/ Jordi Girona 29, 08034 Barcelona, Spain