<div dir="ltr">Hi John,<div><br></div><div>You are more than welcome to rejoin the effort and introduce editing. However, Voting will continue since people can change their votes and change venues until the deadline. People who voted have to understand the implications of their vote - they themselves need to act - no one will do it for them. </div><div><br></div><div>Yet I agree it is good to have a discussion. In fact, this is what we were doing for a while when this paper was initially formed - look at the many versions and the comments by many people on the original documents - this was our discussion. </div><div><br></div><div>We will not know the venue to format to after the deadline, yet until then we are welcome to suggest ideas. The only thing I ask is to be efficient and not waste time - there is a reason I imposed deadlines - this can go on forever. Remember that our fall back is the last consensus point if we do not reach unanimous consensus within approximately 4 weeks. In other words, unless we act, we waste 4 weeks. </div><div><br></div><div>Discussion is welcome , yet I suggest avoiding style related topics such as "belong in a peer reviewed scientific piece" - style is subjective and in the eyes of the beholder. Notice that in the paper we actually criticize the peer reviewed scientific Journals that publish non-reproducible science and Sheriff can tell you how many corresponding authors return an answer to queries to papers they published in scientific literature - so let us please focus on what is important and do it in a timely manner. In 4 weeks it will be about half a year after we started - if we cannot reach consensus in that time period, it implies something about us as a group. Hopefully we all understand this. </div><div><br></div><div>So I suggest starting to act. The sooner the better. </div><div><br></div><div>              Jacob</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, May 3, 2021 at 4:25 PM John Gennari <<a href="mailto:gennari@uw.edu">gennari@uw.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  
    
  
  <div>
    <p>Greetings, all: <br>
    </p>
    <p>Although it is still a long ways until the voting deadline (see
      email below from Jacob), I see enough votes for "Revise the
      manuscript" (#13) that I felt encouraged to look again at the
      manuscript, and review it with an eye toward revisions. As I
      stated back in March, the general topic of manuscript is good, and
      one that I would be very willing to help with, but at the time,
      the deadlines were too short for me to be included as a co-author.
      Jacob was explicit about welcoming me to join back in when the
      paper is ready to be revised, and I am taking this vote (and his
      email encouraging us to "start preparing revisions") to mean
      that's occurring now. <br>
    </p>
    <p>I have carefully read thru the draft manuscript, and I have many
      ideas for improvement. However, it is challenging to provide
      constructive criticism to such a large group effort, especially
      when I do not even know the majority of people involved. I don't
      want to be overly critical--my goal is to provide constructive
      ideas for improvement. But all of us have different perspectives
      about what is and isn't important. It's really an open question
      whether there is enough consensus among us all to write a single,
      coherent paper.</p>
    <p>Those caveats aside, here are the main bullet points of my
      "thoughts for improvement". <br>
    </p>
    <p>*1* The paper needs improved organization. The current
      introduction does not make clear what the main messages and goals
      of the manuscript are. Although not as explicit as I would like, I
      think the paper does have some good messages -- indeed, these are
      captured nicely in Figure 1 and Table 1. In my view, the current
      version of the introduction should be shortened dramatically,
      allowing the reader to quickly get to Figure 1 and Table 1. In
      fact, Table 1 provides a nice organization to the meat of the
      paper: 13 rows representing 13 problems, which are discussed in 13
      subsequent sections. If this organization were made explicit, it
      would provide a lot more clarity, and make things much easier for
      readers (and reviewers!). <br>
    </p>
    <p>*2* As has been noted by others on this list, the 13 sections are
      clearly written by different authors, and thus appear disjointed.
      One way to ameliorate this problem would be to have a discussion
      section that connects these 13 sections, describing synergies
      among the 13 rows of Table 1. In the current manuscript, the
      discussion section does not include any additional information or
      organization of the 13 rows, but instead is a rough set of notes
      about "things that were mentioned but not discussed". <br>
    </p>
    <p>*3* In my opinion, usually organizational issues, such as working
      groups, and subgroups thereof, do not really belong in a peer
      reviewed scientific piece. Of course, these organizations need to
      be properly acknowledged. But why would the general scientific
      public care that this paper arose from two (and not 3 or 4)
      subgroups of people? Better to move directly to the science
      without talking about working groups. For example, it might be an
      excellent idea to talk about the link between modeling of
      multi-cell physiology (in one individual) and the modeling of
      viral spread in a population of individuals. <br>
    </p>
    <p>*4* I remain confused about the role of population-based modeling
      in this manuscript. One of the working groups is titled "viral
      pandemics", but there is very little here that is specific to
      population-based models. In a few places (e.g., the section on
      stochastic modeling) there are examples drawn from that domain,
      but otherwise, the 13 rows are about challenges in modeling
      generally, and not specific to population-based modeling. The
      opening paragraph talks about the SIR models and about COVID-19,
      but the rest of the manuscript doesn't follow through. The paper
      would be stronger in either direction: (a) Either talk more about
      population based modeling and pandemics or (b) changing the
      opening paragraph to better fit the broader focus of modeling
      physiology and pathology in general. <br>
    </p>
    <p>Those are my main points. I would imagine that they could
      initiate debate and disagreement and I'm certainly not going to
      try to impose my vision on all of you. I would guess that points 3
      and 4 might be the most controversial; unfortunately, these must
      be settled in some manner before we can write a good introduction
      to the paper.  But if there are points in the above that all agree
      on, then I could quickly (within a week) make an editing pass over
      the manuscript to implement some of the above ideas.</p>
    <p>I also have more detailed notes about specific section and rows
      of the table, but I will save those for later, after I hear back
      about the above.<br>
    </p>
    <p>Sincerely, <br>
    </p>
    <p>John Gennari</p>
    <p><br>
    </p>
    <div>On 5/1/2021 10:18 AM, Jacob Barhak
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">Greetings white paper contributors,
        <div><br>
        </div>
        <div>It is time to vote again for the target venue. Here are the
          options again. </div>
        <div>
          <div>
            <ol>
              <li style="margin-left:15px">Cureus - resubmission after
                addressing editor comments</li>
              <li style="margin-left:15px">Nature - if you <span>vote</span> for this venue please
                specify flavour such as Nature Scientific Reports</li>
              <li style="margin-left:15px">Science</li>
              <li style="margin-left:15px">Briefings in Bioinformatics</li>
              <li style="margin-left:15px">Trends in Biotechnology -
                requires distilling the paper</li>
              <li style="margin-left:15px">Journal of The Royal Society
                Interface<br>
              </li>
              <li style="margin-left:15px">Annual Review of Public
                Health<br>
              </li>
              <li style="margin-left:15px">BMJ</li>
              <li style="margin-left:15px">Annual Review of Biomedical
                Engineering<br>
              </li>
              <li style="margin-left:15px">F1000research - if you <span>vote</span> for this this venue
                please specify Gateway / Collection </li>
              <li style="margin-left:15px">bulletin of mathematical
                biology<br>
              </li>
              <li style="margin-left:15px">Bioinformatics.<br>
              </li>
              <li style="margin-left:15px">Do not submit now - instead
                open for revisions for 2 weeks and then submit. If you
                choose this option also vote for the target venue after
                revisions so that we will not have to delay further. </li>
            </ol>
            <div><br>
            </div>
          </div>
          <div>I will ask that contributors pick one journal from that
            list - I ask that you REPLY ALL so votes will be
            transparent and time of vote will be registered since first
            to vote will break ties.</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>The voting period will be until Tuesday 11-May 1am CDT </div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Again, if a journal costs for open publication, whoever
          voted, will split publication costs. If anyone on this list is
          funded for this, please vote. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I urge contributors to vote - just so that we will have a
          preference order to follow in case of rejection.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Looking forward to your votes. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>            Jacob</div>
      </div>
    </blockquote>
  </div>

</blockquote></div>