<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto">Me too<br><br><div dir="ltr">Typed with two thumbs on my iPhone.  (757) 318-0671<div><br></div><div><div>“Upon this gifted age, in its dark hour,</div><div>Rains from the sky a meteoric shower</div><div>Of facts . . . they lie unquestioned, uncombined.</div><div>Wisdom enough to leech us of our ill</div><div>Is daily spun; but there exists no loom</div><div>To weave it into fabric.”</div><div><br></div><div>–Edna St. Vincent Millay,</div><div><br></div><div> </div></div></div><div dir="ltr"><br>On Aug 8, 2021, at 19:09, Yaling Liu <yal310@lehigh.edu> wrote:<br><br></div><div dir="ltr"><div dir="ltr">I am fine with the suggested new venue and willing to revise further.    We don't need to wait for everyone to reply here - this email chain is way too long and guess a lot of people were busy and ignored them.<div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>Yaling</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Aug 8, 2021 at 4:57 PM Jacob Barhak <<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com">jacob.barhak@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto">Thanks Hana, <div dir="auto"><br></div><div dir="auto">The revised version is far from ready to being submitted anywhere. There is just too much to do there to put it in shape for submission. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">We do want to advance in making revisions,  yet the attempt here is to accelerate the process by asking a 3rd publishing party to provide proper review for what is actually needed for publication, so you may want to save your efforts until after we get feedback - they will be more effective then when we have feedback.  </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">However, we do need enough support and no objections to proceed to engage with the new venue suggested. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">We have currently 3 of the 17 of the original contributors and 1 who joined later that approves of a new venue. Hopefully others will follow so we can proceed quickly. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thank you for the reply. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">          Jacob</div><div dir="auto"><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Aug 7, 2021, 23:46 Dobrovolny, Hana <<a href="mailto:h.dobrovolny@tcu.edu" target="_blank">h.dobrovolny@tcu.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="gmail-m_-3222322118285752855m_2418018346964135372divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>I'm fine with the suggested venue. I'll double check the sections I was heading sometime this week, but I think all suggestions were incorporated last time I checked.</p>
<p>Hana<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="gmail-m_-3222322118285752855m_2418018346964135372Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper">
<div><font size="2">
<div>*******************************************************<br>
Dr. Hana Dobrovolny<br>
Associate Professor of Biophysics<br>
Texas Christian University<br>
TCU Box 298840<br>
Fort Worth, TX 76129<br>
<br>
phone: (817) 257-6379 fax: (817) 257-7742<br>
email: <a href="mailto:h.dobrovolny@tcu.edu" rel="noreferrer" target="_blank">h.dobrovolny@tcu.edu</a><br>
*******************************************************</div>
</font></div>
</div>
</div>
<br>
<br>
<div style="color:rgb(0,0,0)">
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-3222322118285752855m_2418018346964135372divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Vp-reproduce-subgroup <<a href="mailto:vp-reproduce-subgroup-bounces@lists.simtk.org" rel="noreferrer" target="_blank">vp-reproduce-subgroup-bounces@lists.simtk.org</a>> on behalf of Jacob Barhak <<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com" rel="noreferrer" target="_blank">jacob.barhak@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> August 7, 2021 11:18 AM<br>
<b>To:</b> Torres, Marcella<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer" target="_blank">vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org</a>; <a href="mailto:vp-integration-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer" target="_blank">vp-integration-subgroup@lists.simtk.org</a>; Jonathan Karr; John Gennari; Winston Garira; Faeder, James R<br>
<b>Subject:</b> Re: [Vp-reproduce-subgroup] [Vp-integration-subgroup] White paper revision</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<p><span style="background-color:rgb(255,255,0)"><strong>[EXTERNAL EMAIL WARNING]</strong> DO NOT CLICK LINKS or open attachments unless you recognize the sender and know the content is safe.</span></p>
<div>
<div dir="auto"><span style="font-family:sans-serif">And to all white paper contributors,</span>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif"><br>
</div>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif">You are getting this message to raise it to the top of your mailboxes. </div>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif"><br>
</div>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif">Hopefully enough of you will look at this during the weekend to comment on the best way to move forward while considering the new offer from Marcella. </div>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif"><br>
</div>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif">The faster we move,  the better. </div>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif"><br>
</div>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif">          Jacob</div>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif"><br>
</div>
<div dir="auto" style="font-family:sans-serif"><br>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Aug 3, 2021, 01:03 Jacob Barhak <<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com" rel="noreferrer" target="_blank">jacob.barhak@gmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="auto">Thanks Marcella, 
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Your suggestion may be the solution here. </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">From what I see,  this venue is a good fit. Yet we need to learn the opinion of the other contributors. </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">If we collect enough support and no contributor objects, we can approach the editor and ask if the paper will receive proper review to guide revisions. </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">I look forward for more responses.  </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">          Jacob</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 2, 2021, 11:57 Torres, Marcella <<a href="mailto:mtorres@richmond.edu" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">mtorres@richmond.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div style="overflow-wrap: break-word;" lang="EN-US">
<div>
<p class="MsoNormal">Hi all and Jacob,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I’m interested in getting it circulated, and want to propose Frontiers in Systems Biology as a possible venue – I just joined the editorial board and received notice of a focused issue that includes challenges in multiscale modeling:
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.frontiersin.org/research-topics/24484/insights-in-systems-biology-multiscale-mechanistic-modeling-2021?utm_source=F-RTM&utm_medium=CFP_E1&utm_campaign=PRD_CFP_T1_RT-TITLE*__;Iw!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WFepwnGQ8$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">
https://www.frontiersin.org/research-topics/24484/insights-in-systems-biology-multiscale-mechanistic-modeling-2021?utm_source=F-RTM&utm_medium=CFP_E1&utm_campaign=PRD_CFP_T1_RT-TITLE#</a> .<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">The journal is new, and I don’t remember it being proposed previously.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I am also willing to prioritize revision and submission and apologize for not participating more over the summer.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Best,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Marcella<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(181,196,223);padding:3pt 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><b><span style="font-size:12pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12pt;color:black">Vp-reproduce-subgroup <<a href="mailto:vp-reproduce-subgroup-bounces@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">vp-reproduce-subgroup-bounces@lists.simtk.org</a>> on behalf of Jacob Barhak
 <<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">jacob.barhak@gmail.com</a>><br>
<b>Date: </b>Monday, August 2, 2021 at 11:45 AM<br>
<b>To: </b>Alexander Kulesza <<a href="mailto:alexander.kulesza@novadiscovery.com" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">alexander.kulesza@novadiscovery.com</a>><br>
<b>Cc: </b><a href="mailto:vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org</a> <<a href="mailto:vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org</a>>,
<a href="mailto:vp-integration-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">
vp-integration-subgroup@lists.simtk.org</a> <<a href="mailto:vp-integration-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">vp-integration-subgroup@lists.simtk.org</a>>, Jonathan Karr <<a href="mailto:jonrkarr@gmail.com" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">jonrkarr@gmail.com</a>>,
 John Gennari <<a href="mailto:gennari@uw.edu" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">gennari@uw.edu</a>>, Faeder, James R <<a href="mailto:faeder@pitt.edu" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">faeder@pitt.edu</a>>, Winston Garira <<a href="mailto:Winston.Garira@univen.ac.za" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">Winston.Garira@univen.ac.za</a>><br>
<b>Subject: </b>Re: [Vp-reproduce-subgroup] [Vp-integration-subgroup] White paper revision<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div style="border:1pt solid red;padding:2pt">
<p class="MsoNormal" style="background:yellow"><b><span style="font-size:10pt;font-family:Arial,sans-serif;color:red">External Email:</span></b><span style="font-size:10pt;font-family:Arial,sans-serif;color:black"> Use caution in opening links,
 attachments, and buying gift cards.</span><span style="font-size:10pt;font-family:Arial,sans-serif"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Alex, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks for your response first - it is the first public response. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">However, I was hoping for a discussion rather than a poll. We already made a vote and the direction it took us all ended up badly so far - there is no activity for a few months now. Perhaps a discussion is in order before making more decisions. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">And Alex, time is something you manage to achieve certain goals with certain priorities. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The real question is if circulating this paper is on a high priority list for any of the contributors?<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Some contributors publicly declared they have little time, yet we were still able to push though in the past. What has changed?<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Perhaps a discussion will reveal those things.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">                    Jacob<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, Aug 2, 2021 at 2:00 AM Alexander Kulesza <<a href="mailto:alexander.kulesza@novadiscovery.com" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">alexander.kulesza@novadiscovery.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<p class="MsoNormal">Dear all, Dear Jacob, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I hope that I speak for many others from this group wishing that the ideas presented in that paper do get circulated; optimally in form of a reviewed paper. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I think that the time of the year impedes many of us (including myself) to spend the time needed to edit the sections. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I have created the following poll <a href="https://urldefense.com/v3/__https://doodle.com/poll/ydpgvgi594ubi82d?utm_source=poll&utm_medium=link__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WFaV6WX1c$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://doodle.com/poll/ydpgvgi594ubi82d?utm_source=poll&utm_medium=link</a>
 which intends to get agreement or disgreement of the group for the different optuions that exist. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Please let me know what you think.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Alexander<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Thu, 29 Jul 2021 at 16:54, Jacob Barhak <<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">jacob.barhak@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<p class="MsoNormal">Greetings contributors, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Two of the contributors approach me about this message privately. However, there were many more who participated and no one responded publicly in 2 weeks. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Do you not want this paper be circulated? <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I am asking those questions publicly since this deserves a public discussion.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hopefully this reminder will stir up the group.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">            Jacob<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Wed, Jul 14, 2021 at 4:46 PM Jacob Barhak <<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">jacob.barhak@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Gilberto, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">As you can see, there was no response to your email - in fact the paper writing stopped - I waited sufficient time to make sure this is the case to prove a point. If there is no one to tend to the editing, then there will not be any progress
 and the paper will lose focus - partially because people will pull it in many directions and resolution will take time no one is willing to provide to move it forward. And this is what happened here.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I remind you that I wrote what needs to be done to make progress. See the 4 points in this archived email:<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://lists.simtk.org/pipermail/vp-reproduce-subgroup/2021-May/000098.html__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WFEHRSJVg$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.simtk.org/pipermail/vp-reproduce-subgroup/2021-May/000098.html</a><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">By now it's fairly safe to declare that the group failed to fulfil those points in reasonable time, and the revised version is in a worse condition towards publication than the version we all agreed to submit before. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">This situation raises the question.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Is there more benefit from submitting the findings we had before as they were to a 3rd party for publication than waiting for revisions to end? <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I personally doubt that any further revisions will allow publication in reasonable time - which as I mentioned before delays science rather than advancing it.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I assume that this email will start a debate with different opinions, that may take a long time and this is not my intention. My purpose is practical -  I am trying to salvage the paper so it gets published quickly. It is better than waiting
 forever...<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I believe that what we accumulated and summarized in a table is worth publication as we agreed before. We did reach a consensus and I hope individuals will realize this is the most practical course of action.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Revisions can continue and information added for future versions, yet I do ask that this paper be submitted quickly to a venue that will accept it in the form we agreed upon. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If we do not do this, we will be guilty of delaying science. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hopefully contributors will realize this and we can proceed to fix the situation quickly.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">           Jacob<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, Jun 21, 2021 at 1:06 PM Gilberto Gonzalez-Parra <<a href="mailto:gilberto.gonzalezparra@nmt.edu" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">gilberto.gonzalezparra@nmt.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear all, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I like Eric's idea  i.e.  "section heads can look at the technical aspects of their respective sections this week."<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">There are many suggestions and I think the section heads can focus in one section to make the work more manageable. Then we can read the whole manuscript to check the consistency of the manuscript. Overall, I think we can focus on two main
 ideas. One to point out the challenges of <span style="font-family:Arial,sans-serif;color:black">Biosimulation Model Reproducibility and Model Integration, and some initial basic ideas to tackle these issues. That might be the main message of the article
 (??)</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">***************************************************************************<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Gilberto C. Gonzalez-Parra, <span style="font-size:10pt;font-family:"Helvetica Neue";color:black">Ph.D in Applied Mathematics.</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;font-family:"Helvetica Neue";color:black">Faculty of the </span>Mathematics Department
<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">New Mexico Tech, NM, USA.<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">****************************************************************************<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, Jun 21, 2021 at 8:16 AM Eric Forgoston <<a href="mailto:eric.forgoston@montclair.edu" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">eric.forgoston@montclair.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<p class="MsoNormal">Dear all, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">It seems that progress has mostly stalled - there are numerous comments/edits that have been suggested and are waiting to be acted upon by the section heads.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I suggest a renewed effort over the next week or so: perhaps section heads can look at the technical aspects of their respective sections this week. Then, if interested, I can set up a poll for a discussion next week that will serve to
 resolve and finalise any remaining issues.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thoughts?<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best wishes,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Eric<br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">---------------------<br>
Dr. Eric Forgoston<br>
Professor of Applied Mathematics<br>
Chair, Department of Applied Mathematics and Statistics<br>
Montclair State University<br>
Montclair, NJ  07043 USA<br>
+1 973 655-7242 <br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://eric-forgoston.github.io/__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WF1l-OpF0$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://eric-forgoston.github.io/</a><u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, Jun 21, 2021 at 5:54 AM Alexander Kulesza <<a href="mailto:alexander.kulesza@novadiscovery.com" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">alexander.kulesza@novadiscovery.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<p class="MsoNormal">Hello all, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">regarding the manuscript, what is the deadline for contributions? I try to find another slot for a  working session this and next week. Please let me know where help is needed in terms of editing. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">ALexander <u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, 24 May 2021 at 18:00, John Gennari <<a href="mailto:gennari@uw.edu" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">gennari@uw.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<div>
<p><u></u> <u></u></p>
<p>Eric: </p>
<p>Yes, I do see your changes. Thanks!</p>
<p>-John G. </p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 5/24/2021 4:47 AM, Eric Forgoston wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt">Hi Jacob and all,<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt">I did rewrite the stochastic section adding in material from me and comments from William and James G. The only material I removed had been written by myself originally.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Additional comments are welcome.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt">Cheers,<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Eric<br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">---------------------<br>
Dr. Eric Forgoston<br>
Professor of Applied Mathematics<br>
Chair, Department of Applied Mathematics and Statistics<br>
Montclair State University<br>
Montclair, NJ  07043 USA<br>
+1 973 655-7242 <br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://eric-forgoston.github.io/__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WF1l-OpF0$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://eric-forgoston.github.io/</a><u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, May 24, 2021 at 6:55 AM William Waites <<a href="mailto:wwaites@ieee.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">wwaites@ieee.org</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<p class="MsoNormal">> Otherwise, all I saw was …<br>
<br>
There was editing of the section on stochasticity by Eric with some input from myself.
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Vp-reproduce-subgroup mailing list<br>
<a href="mailto:Vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">Vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org</a><br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-reproduce-subgroup__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WFyiepMXg$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-reproduce-subgroup</a><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
Vp-reproduce-subgroup mailing list<br>
<a href="mailto:Vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">Vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org</a><br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-reproduce-subgroup__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WFyiepMXg$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-reproduce-subgroup</a><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(35,35,73)">Alexander Kulesza<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(52,70,115)">Team leader<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(82,135,189)">Modeling & simulation / Biomodeling<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:alexander.kulesza@novadiscovery.com" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)">alexander.kulesza@novadiscovery.com</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)">+33 7 82 92 44 62<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div style="margin-top:11.25pt;margin-bottom:11.25pt">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:21pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(35,35,73);letter-spacing:-0.75pt">nova<u></u><u></u></span></b></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(35,35,73)">DISCOVERY<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.novadiscovery.com/__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WF5R8SDjQ$" title="Visit our website" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)">www.novadiscovery.com</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(51,51,51)"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)">1 Place Verrazzano, 69009 Lyon<br>
+33 9 72 53 13 01<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<i><span style="font-size:7.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(187,187,187)">This message is intended only for the personal and confidential use of the designated recipient(s) named above. If you are not the intended recipient of this message you are hereby
 notified that any review, dissemination, distribution or copying of this message is strictly prohibited. Email transmission cannot be guaranteed to be secure or error-free. Therefore, we do not represent that this information is complete or accurate and it
 should not be relied upon as such. All information is subject to change without notice.</span></i><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
Vp-integration-subgroup mailing list<br>
<a href="mailto:Vp-integration-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">Vp-integration-subgroup@lists.simtk.org</a><br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-integration-subgroup__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WFn4YtY2g$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-integration-subgroup</a><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
Vp-reproduce-subgroup mailing list<br>
<a href="mailto:Vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">Vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org</a><br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-reproduce-subgroup__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WFyiepMXg$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-reproduce-subgroup</a><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
Vp-integration-subgroup mailing list<br>
<a href="mailto:Vp-integration-subgroup@lists.simtk.org" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">Vp-integration-subgroup@lists.simtk.org</a><br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-integration-subgroup__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WFn4YtY2g$" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-integration-subgroup</a><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(35,35,73)">Alexander Kulesza<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(52,70,115)">Team leader<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(82,135,189)">Modeling & simulation / Biomodeling<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:alexander.kulesza@novadiscovery.com" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)">alexander.kulesza@novadiscovery.com</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)">+33 7 82 92 44 62<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div style="margin-top:11.25pt;margin-bottom:11.25pt">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:21pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(35,35,73);letter-spacing:-0.75pt">nova<u></u><u></u></span></b></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(35,35,73)">DISCOVERY<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.novadiscovery.com/__;!!K6Z8K8YTIA!VdlFMCuGyTWxTFwAHTufvXzSxbtUQ9ckyDlofvqR1sm1Q-6-HD2vdZtc_2WF5R8SDjQ$" title="Visit our website" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)">www.novadiscovery.com</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(51,51,51)"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(128,134,150)">1 Place Verrazzano, 69009 Lyon<br>
+33 9 72 53 13 01<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<i><span style="font-size:7.5pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(187,187,187)">This message is intended only for the personal and confidential use of the designated recipient(s) named above. If you are not the intended recipient of this message you are hereby
 notified that any review, dissemination, distribution or copying of this message is strictly prohibited. Email transmission cannot be guaranteed to be secure or error-free. Therefore, we do not represent that this information is complete or accurate and it
 should not be relied upon as such. All information is subject to change without notice.</span></i><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Vp-integration-subgroup mailing list<br>
<a href="mailto:Vp-integration-subgroup@lists.simtk.org" target="_blank">Vp-integration-subgroup@lists.simtk.org</a><br>
<a href="https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-integration-subgroup" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-integration-subgroup</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">-- ------------------ <div>Yaling Liu, Professor </div><div>Department of Mechanical Engineering and Mechanics </div><div>Department of Bioengineering </div><div>Lehigh University </div><div><a href="http://www.lehigh.edu/~yal310" target="_blank">www.lehigh.edu/~yal310</a><br></div></div></div>
<span>_______________________________________________</span><br><span>Vp-reproduce-subgroup mailing list</span><br><span>Vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org</span><br><span>https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-reproduce-subgroup</span><br></div></body></html>