<div dir="ltr">Greeting white paper contributors,<div><br></div><div>Good news. The editor of the topic "Insights in Systems Biology: Multiscale Mechanistic Modeling 2021" from Frontiers in Systems Biology - Multiscale Mechanistic Modeling has returned an answer to our query about the manuscript Marcella Submitted on our behalf.</div><div><br></div><div>You can find her concerns and our answer in the forwarded messages below. I think they can be easily fixed if we can find agreement in the group. </div><div><br></div><div>Since little time was provided, I ask that the group will answer fast on the desired course of action. We can easily address the concerns she raised fairly quickly. However, I know many of you want more modifications. So each one of the contributors will have to decide if the minimal changes required will be ok for you to approve the manuscript for publication</div><div><br></div><div>If this is agreeable to all contributors  I will be happy to spend the time and adapt the manuscript as requested.</div><div><br></div><div>Many of you wanted to revise the manuscript - now is a good chance to introduce those new versions. Yet the work has to be done in reasonable time, including the approval process. </div><div><br></div><div>To make things easier, I can personally commit time to transforming the manuscript to the desired format and answer all requested changed - However, I will do this only if I know there is no objection to this by any of the listed contributors - so please respond quickly. I am raising this topic for discussion before we start so contributors form their minds. I can also introduce changes from the other 3 versions of the paper that are traceable back to authors if this helps the group move forward  - The 3 versions are from Alex, Sheriff, and John - yet I will personally not introduce any change that is not traceable back to an author on google docs - please see how the editor is specific about authorship in the first concern raised - hence my insistence of traceability. </div><div><br></div><div>If anyone else wants to commit time to quickly assemble a revised manuscript that is traceable back to authors and matches the editors comments, it is now time to step forwards and remember we have little time to move forwards unless the editor grants us an extension. And note that collecting approvals from such a large group also takes time - so revisions should be done quickly regardless. </div><div><br></div><div>I will wait for a few days before taking any action to see what are the opinions and ideas you may have to move this forward. </div><div><br></div><div>Hopefully we can quickly find common agreement. </div><div><br></div><div>I thank Marcella for taking the time to submit this to get a response. </div><div><br></div><div>              Jacob</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">---------- Forwarded message ---------<br>From: <strong class="gmail_sendername" dir="auto">Jacob Barhak</strong> <span dir="auto"><<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com" target="_blank">jacob.barhak@gmail.com</a>></span><br>Date: Mon, Oct 18, 2021 at 12:57 AM<br>Subject: Re: Shayn Peirce-Cottler via Frontiers: Manuscript<br>To: Shayn Peirce-Cottler (Via FrontiersIn) <<a href="mailto:shayn@virginia.edu" target="_blank">shayn@virginia.edu</a>><br>Cc:  <<a href="mailto:systemsbiology.editorial.office@frontiersin.org" target="_blank">systemsbiology.editorial.office@frontiersin.org</a>>, Vodovotz, Yoram <<a href="mailto:vodovotzy@upmc.edu" target="_blank">vodovotzy@upmc.edu</a>><br></div><br><br><div dir="ltr">Hi Shayn,<div><br></div><div>Thanks for returning the response quickly. To you comments. </div><div><br></div><div>1. This is the list of authors that agreed to submit this manuscript for review - I collected their approvals for this version personally. </div><div><br></div><div><span id="m_-1168535369671913403m_4285843770264919305m_-3927540527584186439gmail-docs-internal-guid-a82a7a7d-7fff-f05d-6395-5699b33ee7d6"><ol style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Jonathan Karr, Icahn Institute for Data Science and Genomic Technology and Department of Genetics and Genomic Sciences, Icahn School of Medicine at Mount Sinai USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Rahuman Sheriff, The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), UK</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">James Osborne, School of Mathematics and Statistics, University of Melbourne, Australia</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Gilberto Gonzalez Parra, Mathematics Department, New Mexico Tech, USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Eric Forgoston, Department of Applied Mathematics and Statistics, Montclair State University, USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Ruth Bowness, Department of Mathematical Sciences, University of Bath, UK</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Yaling Liu, Department of Mechanical Engineering and Mechanics , Department of Bioengineering, Lehigh University, USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Robin Thompson, Mathematics Institute & The Zeeman Institute for Systems Biology and Infectious Disease Epidemiology Research, University of Warwick, UK</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Winston Garira - Department Of Mathematics And Applied Mathematics , Modelling Health and Environmental Linkages Research Group. University of Venda, South Africa</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Jacob Barhak - Barhak, Jacob, USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">John Rice - Independent Retired Working Group Volunteer, USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Marcella Torres, School of Arts and Sciences, University of Richmond, USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Hana M. Dobrovolny , Department of Physics & Astronomy, Texas Christian University, Fort Worth, USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Tingting Tang, Department of Mathematics and Statistics in San Diego State University (SDSU) and SDSU Imperial Valley, USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">William Waites, Centre for Mathematical Modelling of Infectious Diseases, London School of Hygiene and Tropical Medicine, UK</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">James Glazier, Biocomplexity Institute, Indiana University, Bloomington, USA</span></p></li><li dir="ltr" style="list-style-type:decimal;font-size:11pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt" role="presentation"><span style="font-size:11pt;background-color:transparent;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">James R. Faeder, Department of Computational and Systems Biology, University of Pittsburgh, Pittsburgh, USA</span></p></li></ol></span></div><div><br></div><div>If there is a mismatch of authors in the submission, it can be easily corrected - we kept the paper traceable when we constructed it so we can point to exact texts contributed by each contributor through their google account and versions kept in google docs with few exceptions where I personally added text their wrote and have email conversations supporting that .  I personally collected all those contributions in google docs when I assembled the version you see and made sure it is agreed upon by the contributors. It is important to note that There was one contributor that asked for more revisions and did not approve this manuscript, yet allowed submitting the text without association to it to avoid delays. The entire conversation was documented publicly in our mailing list and we got consent from this contributor to continue and use the text - You can find the conversation  here: <a href="https://lists.simtk.org/pipermail/vp-reproduce-subgroup/2021-March/000019.html" target="_blank">https://lists.simtk.org/pipermail/vp-reproduce-subgroup/2021-March/000019.html</a>  -  so there are no copyright issues and the name of the author is not included in the list above at their request. Those included in the list have contributed and approved. If needed, we will correct the list in the journal to match this list. Please note that we kept the entire process as transparent as possible so there will be no issues. If there are any concerns of authorship, I will be happy to dig into the history and pull out details. </div><div><br></div><div><br></div><div>2. The reason the manuscript was submitted in this form is to get confirmation on initial fit and to get some initial feedback. We were interested in fast review to get the information quickly out - Also note that we did not intend this to be a final version - we already have some modifications in the work that we would like to introduce where more people contributed , yet we have not reached agreement on those so we cannot formally publish them - however, we did reach agreement on submitting this version for review so the editor can focus us on what is important to change to get published with a 3rd Party - enough of us agreed in a vote that your Journal seems is a suitable 3rd party and hence the submission. We will be happy to spend the time to convert the manuscript to the desired format if you find the content suitable for the journal. So far your requests are reasonable and I will convey them to the group through our mailing list. </div><div><br></div><div>3. Please note that after the list of authors there is a disclaimer : "<span style="background-color:transparent;color:rgb(0,0,0);font-family:Arial;font-size:11pt;white-space:pre-wrap">The opinion of the contributors do not reflect the opinions of the entire working group".  I</span>nitially this paper started as an activity requested by the working group leads. However, by no means it represents all opinions. The introduction in this version of the paper captures some of this history of how the manuscript was created and modified. However, we have other versions of the manuscript in work where this history is deleted - If you prefer, we can easily create a version that detaches from the working group to eliminate all concerns - this is a relatively easy fix. However, whatever fix we do, we will have to approve with all contributors. </div><div><br></div><div>4  The revisions can be done in reasonable time. However, the process of collecting approval for all contributors to legally approve the revised manuscript will take more than 14 days. All contributors must approve a manuscript for publication. With this number of authors we will probably not make it in the time you mentioned - only the approval process for collecting all approvals took alone about 3 weeks to approve this version you see.  Hopefully you will understand this and extend this time period beyond 14 days. </div><div><br></div><div>In summary: </div><div>Making the fixes you asked for towards publication is easy - yet getting the approval from so many people may take us more time than what you provide. If it is possible to get an extension, it will be appreciated. </div><div><br></div><div>I will add this conversation to our mailing list so we can start the process of revising the manuscript.  However, if after this email you have more issues with this paper, Please advise on the best course of action you see fit so we can adjust accordingly. </div><div><br></div><div>Hopefully we can address your concerns in time to publish the manuscript in a timely manner. </div><div><br></div><div>                 Jacob</div><div><br></div><div>--<br>Jacob Barhak Ph.D. <br>Sole Proprietor, Software Developer, and Computational Disease Modeler<br><br>Jacob Barhak Analytics<br>701 Brazos St<br>Suite 548<br>Austin TX, 78701<br><br>Email: <a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com" target="_blank">jacob.barhak@gmail.com</a><br><br><a href="https://sites.google.com/view/jacob-barhak/home" target="_blank">https://sites.google.com/view/jacob-barhak/home</a><br><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Oct 17, 2021 at 9:56 AM Shayn Peirce-Cottler (Via FrontiersIn) <<a href="mailto:noreply@frontiersin.org" target="_blank">noreply@frontiersin.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><u></u><div>Dear Jacob, <br><br>Thank you for your manuscript submission. I cannot send it out for review in its current form because I have a few concerns, but if you can address the following issues, I will certainly reconsider a revised manuscript if the following are adequately addressed:<br><br>1. The author list that is on the first page differs from the author list that was provided at the time of submission. <br><br>2. The manuscript needs to be submitted using the official Frontiers template.<br><br>3. The manuscript states that it represents the views of a number of special interest and working groups, and the authors should provide assurances that they have the authority and approval to speak on behalf of the working groups that are listed.<br><br>4. There are places throughout the manuscript, and most frequently in the second half, where information is provided as bulleted talking points without context. Those sections should be revised into paragraphs of text or summarized in a table (or figure).<br><br>If you wish to submit a revised manuscript, the journal provides a 14-day time window for you to do so. Please let me know if you have any questions. <br><br>Thank you,<br>Shayn<br><br><br>---------------------------------<br><br>Manuscript title: Model Integration in Computational Biology: The Role of Reproducibility, Credibility and Utility<br>Manuscript ID: 793932<br>Authors:  Marcella Torres, Jacob Barhak, Ruth Bowness, Hana Maria Dobrovolny, James Faeder, Eric Forgoston, Winston Garira, Yaling Liu, James Osborne, Gilberto Gonzalez Parra, John Rice, Rahuman Sheriff, Tingting Tang, Robin Thompson, William Waites  <br>Date submitted: 12 Oct 2021 <br>Edited by: Shayn Peirce-Cottler<br><br><br>Research Topic: Insights in Systems Biology: Multiscale Mechanistic Modeling 2021<br>Review forum direct access link: <a href="http://links.email.frontiersin.org/ls/click?upn=AAaFa03elZRFPXQ6ShiKwHJ7IVBhf38O-2BEQWinpomFtULO0Q-2BM19TTRdh7emL5NqrxgHYRG7-2FEazDF-2FJfPddug-3D-3Dkdpa_6U3AlnyvMxxXqGK2YZZvqQDAig2dZVa43D-2BB81ORWCaNWR45ZJ2fDhpaKsTZzRsuCL-2BNJFR2MRucSNQVfNAGmtHQx1gGGhLotkRxEWQuZDre0jQti6pSzF-2Bm1akZB-2FZLJbzjJjEqrnF6c-2BY79oozDKNeyZDGEV7E7qizJmMtyvWGMFEr4JK1z0YPzIbG66EloII5-2FSNkwoWo-2BqqYbe1fAtco01e7-2FlRQb33KpEVuKlNimzGXjW3kPgAYf1R6wsCnLhi7Aow94qLbu0WkYgbBRg-3D-3D" target="_blank">https://review.frontiersin.org/review/793932/0/0</a><img src="http://links.email.frontiersin.org/wf/open?upn=hsjhYEw8vH7PdGJ9NbxHz3vSsx2lIddnjwOytzOt9OMDB2XHZaoMJ8MRcYJqQbJwtJW6rfjxx8LUo-2ByoyNuHZrZr6p-2BBD3xio-2FBppgqVTvucMjGp2ywjh4S9lCwZtGA7s-2F70AYNugsyg668PIDcN6HVQd2cF73KIRbwnctZ1g-2FD9o90n3fRQO3yCvOyyCMq11CPTXYBk78QhGDwmK8BwbYjUsk2Nt7joHCJ-2BFpzVzDIG-2Fz-2F52881CChUz7yjDvzMg0tqOHD5qQdB7mHLMRpADw-3D-3D" alt="" width="1" height="1" border="0" style="height:1px;width:1px;border-width:0px;margin:0px;padding:0px"></div></blockquote></div>
</div></div></div>