<div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Jacob, dear all, <div>Yes will take care of 2. and happy to help wherever I can. </div><div>Best  </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, 19 Dec 2021 at 03:10, Jacob Barhak <<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com">jacob.barhak@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto"><div dir="ltr"><br><div>Greetings to the paper contributors,</div><div><br></div><div>You may have seen my other message where I posted the reviews to our paper.  I am sending those again below to start a new thread discussing possible revisions.</div><div><br></div><div>Here is a checklist for revisions required:</div><div><br></div><div><ol><li> We should discuss the references that reviewer 1 raised and add them as reference</li><li>Reviewer 1 asked for more discussion around V&V40 - I believe Alex added the text there originally - Alex do you think you can address the request of the reviewer?</li><li>Reviewer 1 asked to focus on COVID-19 at the title - I am not sure we wish to limit our scope since many of our ideas are applicable far beyond COVID-19 - I leave it up for discussion in the group on how to address this request by the reviewer </li><li>Reviewer 1 asked for additional graphics - I am unsure how to address this beyond ur current diagram - ideas will help</li><li>We need to check the "Contribution to the field" section for grammar and spelling - if someone can contribute more elegant text - now is the time - I looked over it now and found no issues - yet I may have missed something - this section may have been missed since it was added last and perhaps vetted less than other sections. Also Reviewer 2 asked for grammar corrections, so it is worthwhile proof reading the paper as a whole.</li><li>Reviewer 2 asks for major rewrite to emphasize why the problems are there - I think we should explain that the core of the paper is the table and perhaps emphasize it in the paper beyond what the current text - we also should reply to the reviewer and explain that the paper is composed of contributions from a large group and we made an effort to include every voice in the choir - each of those voices is important and needs to be preserved - hopefully it will convince the reviewer that change we will add will be sufficient</li><li>Reviewer 2 asks to revise the introduction  - I believe some changes are possible - yet the introduction includes contributions from many authors - at least 10 - and I fear losing something important someone contributed - if someone has an idea on how to address this reviewer without a painful transformation, please reply to this message.</li><li> Reviewer 2 wants additional discussion around the "reproducibility crisis" section  and asks a valid question about expectations we should address - "“Computational biomedical modeling… was expected to be less affected by the reproducibility crisis.” Is this true, and why would it be so? "  - My answer to the reviewer is that unlike biological processes that have random nature and experiments would not repeat if repeated, while computer software should be deterministic and it should be repeatable if designed well.  Unfortunately we are not experiencing this promise - yet I believe the reviewer wants more discussion beyond this section so I am happy to discuss this.</li><li>Reviewer 2- writes:  "Models are Hard to Locate: Are the authors suggesting that entire simulation workflows, from model construction to analysis, should be publicly available? At what point does one consider intellectual property? Do the authors advocate for such extensive publishing for all models, or only ones that are intended to be widely re-used? - those are important points we need to discuss - we need to better explain the difficulties we are having when creating models and the reviewer is absolutely correct about expanding the discussion to IP - I suggest we create a thread for this discussion and reference it - I suggest it we merged with the licensing  issue that I will address later - there is a strong connection there - the reviewer was very observant and sees the bigger problem. However,we need to eventually distill our discussion to recommendations that will inline. </li><li>Reviewer 2 asks that we fix the unit standardization section - I believe Hana and myself were the largest contributors there - Hana - I will start a discussion on that topic in a separate email where we can publicly discuss how to fix this - others will be welcome to contribute. </li><li>Reviewer 2 asks that we better handle the section on Data availability and measurement definitions: in think we need to emphasize solutions and separate it from issues that may not be solvable. Ideas are welcome.</li><li>Reviewer 2 asks good questions with regards to licensing following our text- I personally have good answers to the reviewer and William and I had some discussion on the topic in this list I suggest we expand this discussion in a separate thread - hopefully William and perhaps others will join the discussion. This discussion should also address the IP issues raised by the reviewer for the "models are hard to locate section."</li><li>Reviewer 2 asks to handle the Model Application and Implementation Barriers section. We should decide what to do there, the section may need expansion since the ideas there are solid, yet the section is short so perhaps enhancing it makes better sense. I am open to suggestions. </li></ol><div dir="auto"><br></div><div>Those are the items I located and my suggestions. It seems we need attention from Alex, Hana, myself and william. However, anyone on the list is welcome to participate and suggest changes.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I will start the discussion threads on specific topics. Hopefully we can get it done quickly.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">         Jacob</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div><br></div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>-  </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>########### Original Reviews #############</div><div><br></div><div><div>There are 2 reviews - both require major changes. I am copying the relevant text below.  If more appear, I will let you know, yet I only got this message today although the reviews are dated a few days ago. </div><div><br></div><div>Reviewer 1: </div><div><font color="#3e3d40" face="Lucida Grande, Trebuchet MS, Arial, sans-serif"><span style="font-size:12px;outline-color:initial;outline-style:initial">Recommendation for the Editor: </span></font>Substantial revision is required<br></div><div><br></div><div>Please list your revision requests for the authors and provide your detailed comments, including highlighting limitations and strengths of the review. If you have additional comments based on Q2 and Q3 you can add them as well.<br></div><div><br></div><div>Karr and co-authors made an interesting and exaustive point about the reproducibility crisis that leads to inability to reuse and integrate models, especially about COVID-19 disease.<br style="outline:0px">Within the manuscript some typos and missing information are present.<br style="outline:0px">I'd suggest the authors to revise the entire manuscript especially in terms of the state of the art, revising and updating the most relevant examples of computational models dealing with COVID-19 and in general about some semi-standardised proposals about the pipeline to follow for the verification and validation of model credibility. In particular, the authors failed to mention and cite some major results on in silico modeling about COVID-19 up to now. See for example:<br style="outline:0px">a."In silico trial to test COVID-19 candidate vaccines: a case study with UISS platform", Russo, G., Pennisi, M., Fichera, E., ...Viceconti, M., Pappalardo, F., BMC Bioinformatics, 2020, 21, 527.<br style="outline:0px">b. Russo G, Di Salvatore V, Sgroi G, Parasiliti Palumbo GA, Reche PA, Pappalardo F. "A multi-step and multi-scale bioinformatic protocol to investigate potential SARS-CoV-2 vaccine targets" [published online ahead of print, 2021 Oct 5]. Brief Bioinform. 2021;bbab403. doi:10.1093/bib/bbab403.<br style="outline:0px">Moreover, when the authors mention ASME V&V40 procedure, it could be useful to spend few words about the model credibility pipeline drawn for predictive models in biomedicine, such as the one suggested in "Credibility of in Silico Trial Technologies-A Theoretical Framing", Viceconti, M., Juarez, M.A., Curreli, C., ...Russo, G., Pappalardo, F., IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2020, 24(1), pp. 4–13, 8884189.<br style="outline:0px">For this specific aspect, the authors should talk about "specific question of interest" and not "specific purpose" in the paragraph called "Credibility of Models" to follow in such a way a standardised language.<br style="outline:0px">Moreover, the authors should refer to COVID-19 also in the title, with a specific mention about the fact that the main topic of model integration in computational biology will be discussed inside the COVID-19 context.<br style="outline:0px">Furthermore, for the model key concepts such as Reusability-Extensibility-Extractability-Portability the authors should described and outlined through a graphical sketch or visual representation that summarises these key point.<br style="outline:0px">The authors should also fix some grammar and writing typos present in the "Contribution to the field" section.<br></div><div><br></div><div><div style="border-top:1px solid rgb(217,217,217);outline:0px"><div style="padding-top:15px;outline:0px"><div style="outline:0px">a. Is the quality of the figures and tables satisfactory?<br style="outline:0px">- No<br style="outline:0px"><br style="outline:0px">b. Does the reference list cover the relevant literature adequately and in an unbiased manner?<br style="outline:0px">- No<br style="outline:0px"><br style="outline:0px">c. Does this manuscript refer only to published data? (unpublished or original data is not allowed for this article type)<br style="outline:0px">- Yes<br style="outline:0px"><br style="outline:0px">d. Does the review include a balanced, comprehensive, and critical view of the research area?<br style="outline:0px">- Yes</div></div><div id="gmail-m_8247746808502553674m_6090386399552853868m_5335031614454254218m_6805043092736084016m_476535936230498237gmail-m_-8345716752565666099gmail-7672" style="outline:0px"><div style="padding:5px 0px 5px 5px;outline:0px"><div style="outline:0px"></div></div></div></div><div style="height:20px;margin-top:10px;margin-left:20px;outline:0px"><br></div></div><div style="height:20px;margin-top:10px;margin-left:20px;outline:0px"><br></div><div style="height:20px;margin-top:10px;margin-left:20px;outline:0px">Reviewer 2</div><div style="height:20px;margin-top:10px;margin-left:20px;outline:0px"><br></div><div style="height:20px;margin-top:10px;margin-left:20px;outline:0px">Please list your revision requests for the authors and provide your detailed comments, including highlighting limitations and strengths of the review. If you have additional comments based on Q2 and Q3 you can add them as well.<br></div><div style="height:20px;margin-top:10px;margin-left:20px;outline:0px"><br></div><div><br></div><div>The article often reads as a stream-of-consciousness account of the discussions that took place but lacks a clear thesis or recommendations. It is not clear what, if anything, the authors are advocating for. It is not always clear why the issues being discussed are problematic, or that they can be reasonably addressed. Some of the issues raised are indeed important and should be discussed, but the paper lacks focus and does not tell a cohesive story. I believe this manuscript requires a major re-write to be suitable for publication. The authors should consider narrowing the scope of the discussion and focusing on a cohesive set of recommendations or open questions. More specifically, I make a few suggestions below:<br style="outline:0px"><br style="outline:0px">Major comments<br style="outline:0px">1. The introduction is long and repeats itself (e.g., “much less is known about how viral infections spread throughout the body…” is repeated verbatim). It is not clear from the introduction what the main goal of the paper is or why the “reproducibility crisis” is truly a crisis. Why is the discussion of composition and black/white box models relevant to the introduction? Further, this section is subtitled “the promise of modeling”, which does not seem to match the content.<br style="outline:0px">2. The Reproducibility Crisis: “Computational biomedical modeling… was expected to be less affected by the reproducibility crisis.” Is this true, and why would it be so? One would think that more complex models would suffer more from a lack of reproducibility. It may be helpful to define what exactly the “reproducibility crisis” refers to.<br style="outline:0px">3. Models are Hard to Locate: Are the authors suggesting that entire simulation workflows, from model construction to analysis, should be publicly available? At what point does one consider intellectual property? Do the authors advocate for such extensive publishing for all models, or only ones that are intended to be widely re-used?<br style="outline:0px">4. Unit standardization: The conversion from PFU or TCID50 to individual virions is likely to differ across viruses – are the authors focused on COVID here? Are the authors advocating for a standard conversion factor? It is not clear what the purpose of this discussion is. As the authors mention, different scales require different units. Even at a single scale, different models may require different units for numerical reasons. It is not clear what the authors are advocating for here.<br style="outline:0px">5. Data availability and measurement definitions: This section seems to outline limitations of available data, but again makes no recommendations or proposed solution to any of the issues raised. Is this the intention? Most of the issues raised here reflect limitations of experimental science or data privacy, which likely cannot be meaningfully addressed by the modeling community.<br style="outline:0px">6. Models are Not Consistently Licensed…: Are the authors implying here that all modeling work should be published with no rights reserved? Is it reasonable to expect modelers to make their work freely usable by others for profit? Is it reasonable for institutions to allow this? How much does this really contribute to reproducibility and utility?<br style="outline:0px">7. Model Application and Implementation Barriers: This section seems unnecessary and out of place.<br style="outline:0px">8. There are grammar and punctuation errors scattered throughout; please edit carefully.<br></div><div><br></div><div><br></div><div>a. Is the quality of the figures and tables satisfactory?<br style="outline:0px">- Not Applicable<br style="outline:0px"><br style="outline:0px">b. Does the reference list cover the relevant literature adequately and in an unbiased manner?<br style="outline:0px">- Yes<br style="outline:0px"><br style="outline:0px">c. Does this manuscript refer only to published data? (unpublished or original data is not allowed for this article type)<br style="outline:0px">- Yes<br style="outline:0px"><br style="outline:0px">d. Does the review include a balanced, comprehensive, and critical view of the research area?<br style="outline:0px">No answer given.<br></div><div><br></div><div><br></div><div>========</div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Vp-reproduce-subgroup mailing list<br>
<a href="mailto:Vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org" target="_blank">Vp-reproduce-subgroup@lists.simtk.org</a><br>
<a href="https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-reproduce-subgroup" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.simtk.org/mailman/listinfo/vp-reproduce-subgroup</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div style="font-family:sans-serif;font-size:13px;white-space:pre-wrap;padding:2px 0px 2px 13px;color:rgb(54,57,79)"><div style="font-stretch:normal;line-height:normal;white-space:normal;padding:2px 0px;color:rgb(35,35,73)">Alexander Kulesza</div><div style="font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;white-space:normal;padding:2px 0px;color:rgb(52,70,115)">Team leader</div><div style="font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;white-space:normal;padding:2px 0px;color:rgb(82,135,189)">Modeling & simulation / Biomodeling</div><div style="font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;white-space:normal;padding:2px 0px;color:rgb(128,134,150)"><a href="mailto:alexander.kulesza@novadiscovery.com" style="color:rgb(128,134,150)" target="_blank">alexander.kulesza@novadiscovery.com</a></div><div style="font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;white-space:normal;padding:2px 0px;color:rgb(128,134,150)">+33 7 82 92 44 62</div><div style="white-space:normal;width:100px;margin:15px 0px;font-size:28px;color:rgb(35,35,73)"><div style="font-family:Montserrat,arial;font-weight:600;letter-spacing:-1px">nova</div><div style="font-size:9px">DISCOVERY</div></div><div style="color:rgb(51,51,51);font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;white-space:normal;padding:2px 0px;margin:0px"><a href="http://www.novadiscovery.com/" title="Visit our website" style="color:rgb(128,134,150)" target="_blank">www.novadiscovery.com</a></div><div style="font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;white-space:normal;padding:2px 0px;color:rgb(128,134,150)">1 Place Verrazzano, 69009 Lyon<br>+33 9 72 53 13 01</div></div></div></div></div>

<br>
<i style="color:rgb(187,187,187);font-family:sans-serif;font-size:10px;text-align:justify">This message is intended only for the personal and confidential use of the designated recipient(s) named above. If you are not the intended recipient of this message you are hereby notified that any review, dissemination, distribution or copying of this message is strictly prohibited. Email transmission cannot be guaranteed to be secure or error-free. Therefore, we do not represent that this information is complete or accurate and it should not be relied upon as such. All information is subject to change without notice.</i>