<div dir="ltr">Indeed the 6th Challenge is <div><span style="color:rgb(28,29,30);font-family:"Open Sans",sans-serif;font-size:16px"><br></span></div><div><span style="box-sizing:border-box;color:rgb(28,29,30);font-family:"Open Sans",sans-serif;font-size:16px">"</span><i style="box-sizing:border-box;color:rgb(28,29,30);font-family:"Open Sans",sans-serif;font-size:16px">how to develop standards and benchmarks for multicellular implementation comparison</i><span style="color:rgb(28,29,30);font-family:"Open Sans",sans-serif;font-size:16px">."</span></div><br>Which ties very well with the aims of the subgroup (and the white paper) but there's only a few paragraphs on it in the paper due to space.<br><div><br></div><div>As the focus of this paper was multicellular simulations the main point was the need for a set of "standard" multicellular problems which would allow benchmarking of methods and or tools but also provide a basis for specification as you would need to specify these standard problems with no ambiguity allowing reproducibility.</div><div><br></div><div>James <br></div><div><br></div></div><div dir="ltr"></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, May 4, 2021 at 10:08 PM Jacob Barhak <<a href="mailto:jacob.barhak@gmail.com" target="_blank">jacob.barhak@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div>
<div dir="auto">
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-size:12px;text-align:left;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif">
<strong>
<table style="width:100%;float:left" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td style="color:red"><b>External email: </b>Please exercise caution</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</strong><br>
</div>
<hr>
</div>
Thanks William, 
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">This is nice work with a lot of overlap to our focus areas. </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Both authors are now on this mailing list. </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">I personally liked the reference to HPC,  although I did not see mention of newer tools to solve the problem. </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">I also liked how they called SBML a specification rather than a standard. This is the correct way to address it. </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">          Jacob</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, May 4, 2021, 06:22 William Waites <<a href="mailto:wwaites@ieee.org" target="_blank">wwaites@ieee.org</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
"Seven challenges in the multiscale modeling of multicellular tissues", Fletcher & Osborne<br>
<a href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/wsbm.1527" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/wsbm.1527</a><br>
<br>
CHALLENGE 1: MODEL CONSTRUCTION<br>
CHALLENGE 2: MODEL CALIBRATION<br>
CHALLENGE 3: NUMERICAL SOLUTION<br>
CHALLENGE 4: SOFTWARE AND HARDWARE IMPLEMENTATION<br>
CHALLENGE 5: MODEL VALIDATION<br>
CHALLENGE 6: DATA/CODE STANDARDS AND BENCHMARKS<br>
CHALLENGE 7: COMPARING MODELING ASSUMPTIONS AND APPROACHES<br>
<br>
<br>
</blockquote>
</div>
</div>

</blockquote></div>