[RNABuilder-help] Fwd: OPRA

[Samuel Flores]

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> From: Laura Pérez-Cano <laura at mmb.pcb.ub.es>
> Date: October 19, 2010 2:45:57 PM GMT+02:00
> To: Samuel Flores <samuelfloresc at gmail.com>
> Subject: Re: OPRA
> 
> No me aclaro mucho Samuel. Porque en el fichero de entrada que me das
> (contacts.dat) sólo está definida la proteína...
> 
> Yo lo que quiero hacer es una exploración aleatoria del RNA conservando
> rigidos los pares de bases que interaccionan de forma canónica. No es
> ésto lo que tú hicistes? Me sonaba que habías hecho ésto mismo con el
> RNA bound (1HQ1 PDB) y luego habías ido calculando la RMSD y habías visto
> que visitaba la forma unbound (1CQL PDB).
> 
> On Fri, 15 Oct 2010 17:03:26 +0200, Samuel Flores <samuelfloresc at gmail.com>
> wrote:
>> Aquí está:
>> 
>> http://molmovdb.org/temp/laura.pdb.gz
>> 
>> Son movimientos aleatorios.  Pero si quieres hacer un morph de bound a
>> unbound tan solo hay que agregar al archivo de entrada (contacts.dat) los
>> siguientes elementos:
>> 
>> sequencia de la cadena unbound
>> firstResidueNumber de la cadena unbound
>> threading forces de la unbound a la bound, e.g.    "baseInteraction A 1
>> Superimpose B 123 Superimpose Cis"
>> 
>> Además habrá que agreagar las coordenadas de la 
>> la cadena unbound al archivo last.1.pdb.
>> 
>> te mando como attachment los archivos que usé para generar la
> trayectoria.
> 
> -- 
> Laura Pérez-Cano,  PhD student
> 
> Life Sciences Department
> Barcelona Supercomputing Center (BSC-CNS)
> C/ Jordi Girona 29, 08034 Barcelona, Spain
> 

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