Begin forwarded message:
From: Laura Pérez-Cano <laura@mmb.pcb.ub.es> Date: October 19, 2010 2:45:57 PM GMT+02:00 To: Samuel Flores <samuelfloresc@gmail.com> Subject: Re: OPRA
No me aclaro mucho Samuel. Porque en el fichero de entrada que me das (contacts.dat) sólo está definida la proteína...
Yo lo que quiero hacer es una exploración aleatoria del RNA conservando rigidos los pares de bases que interaccionan de forma canónica. No es ésto lo que tú hicistes? Me sonaba que habías hecho ésto mismo con el RNA bound (1HQ1 PDB) y luego habías ido calculando la RMSD y habías visto que visitaba la forma unbound (1CQL PDB).
On Fri, 15 Oct 2010 17:03:26 +0200, Samuel Flores <samuelfloresc@gmail.com> wrote:
Aquí está:
http://molmovdb.org/temp/laura.pdb.gz
Son movimientos aleatorios. Pero si quieres hacer un morph de bound a unbound tan solo hay que agregar al archivo de entrada (contacts.dat) los siguientes elementos:
sequencia de la cadena unbound firstResidueNumber de la cadena unbound threading forces de la unbound a la bound, e.g. "baseInteraction A 1 Superimpose B 123 Superimpose Cis"
Además habrá que agreagar las coordenadas de la la cadena unbound al archivo last.1.pdb.
te mando como attachment los archivos que usé para generar la trayectoria.
-- Laura Pérez-Cano, PhD student
Life Sciences Department Barcelona Supercomputing Center (BSC-CNS) C/ Jordi Girona 29, 08034 Barcelona, Spain